1993-cü il oktyabrın 29-da Zəngilan rayonu Ermənistan Silahlı Qüvvələri tərəfindən işğal edildi. 1988-ci ildən 1993-cü ilin noyabrınadək düşmənə baş əyməyən, yağı hücumlarına sinə gərən, yüzlərlə şəhid verən Zəngilan işğala məruz qalan ən sonuncu rayon oldu. Qonşu Qubadlı və Cəbrayılın işğalı nəticəsində mühasirəyə düşən rayon əhalisi çıxış yolunu Araz çayından İran ərazisinə keçməkdə gördü. Əks təqdirdə ikinci bir Xocalı hadisəsinin baş verməsi qaçılmaz olacaqdı.
XIV əsrdə yaşamış məşhur coğrafiyaşünas və tarixçi Həmdullah Qəzvininin yazdığına görə, Zəngilanın əsası hicri tarixinin 15-ci ilində, yəni 636-cı ildə qoyulub. “Zəngilan şəhəri” dedikdə əslində Pircavan şəhəri nəzərdə tutulmalıdır. Çünki Zəngilan şəhərinin əsl adı Pircavan olmuşdur. Zəngilan isə həmin şəhərin və ətraf kəndlərin yerləşdiyi tarixi mahalın adı idi. Lakin sözün kökündə “Pir” sözü olduğu üçün, yaxud da tariximizi təhrif etmək məqsədi ilə rayоna 1930-cu ildə Zəngilan adı verilmişdir. Zəngilan rayonunda bir şəhər, 5 qəsəbə (Ağ oyuq, Mincivan, Bartaz, Ağbənd, Həkəri) və 79 kənd olmuşdur. Zəngilan şimaldan Qubadlı, şərqdən Cəbrayıl, cənubdan İran İslam Respublikası, qərbdən Ermənistan ilə həmsərhəddir. Zəngilan Birinci Qarabağ müharibəsində 188 şəhid verib, bu günədək rayonun 44 sakini itkin düşmüş sayılır. Bakı-Culfa-Naxçıvan dəmiryolunun üzərində yerləşən bu rayon mühüm strateji əhəmiyyətə malikdir. Ərazisi 707 kvadrat km, əhalisi isə 35 mindən çox olub. İşğal olunmazdan əvvəl Zəngilanda 9 məktəbəqədər müəssisə, 19 ibtidai məktəb, 15 orta məktəb, bir texniki peşə və musiqi məktəbi, 35 kitabxana, 8 mədəniyyət evi, 23 klub müəssisəsi və 22 kinoqurğu var idi. Bütün Avropada ən böyük çinar meşəsi də bu rayonda idi və ermənilər onu doğrayaraq xarici ölkələrə satmışlar. Digər qiymətli ağaclar, molibden, mərmər, qızıl, qranit və digər yeraltı sərvətlər də ermənilər tərəfindən talan edilmişdir.
Zəngilan meşə təsərrüfatının Topmeşə sahəsinin qoz, şərq çinarı və digər qiymətli ağacları ermənilər tərəfindən tamamilə qırılaraq işlik materialı kimi daşınıb. Ermənilər dəfələrlə Bartaz və Vejnəli sahələrində olan ardıc meşələrində güclü yanğınlar törədiblər, 2 hektara yaxın ərazidəki çoxillik qoz, çinar və şam ağaclarını məhv ediblər. Daş-başı və Leşkar meşələrində 55 hektar ərazini əhatə edən qoz meşəsinin 40-50 illik qoz ağacları, həmçinin Top və Şükürataz meşə sahəsində olan 350-400 illik yaşlı palıd ağacları da qırılıb daşınıb və ərazi yandırılıb.
Uzun müddət düşmən tapdağında qaldıqdan sonra 20 oktyabr 2020-ci ildə Zəngilan şəhəri və Havalı, Zərnəli, Məmmədbəyli, Həkəri, Şərifan, Muğanlı kəndləri Azərbaycan Silahlı Qüvvələri tərəfindən işğaldan azad edilib. Var olsun Müzəffər Ordumuz!